加工制粒后的饲料要正确保管，否则容易发生霉变。轻度霉变的饲料，会使虾生长速度减慢，采食量下降，消化率降低。严重霉变的饲料，会造成小龙虾中毒，甚至于死亡。对于采购的饲料，一定要检验是否霉变，一般通过闻气味、看颜色、看是否有结团现象、加热后辨别气味以及在显微镜下观察的办法来确定。对自制的饲料，一定要做好保管，控制引起霉变的途径，勤于检查，发现问题及时解决，才能保证饲料的保存质量。
饲料霉变的主要条件是饲料中含有水分，环境中高而适宜的温度、较大的湿度及合适的酸碱度，贮存场所的阴闷环境，过长的贮存时间等。预防虾类饲料的霉变，必须从以下几方面入手。
1、水分是决定饲料中霉菌能否生长的重要因素
在饲料中的水分可以分为结合水分和游离水分，游离水分是最容易引起霉变的原因。当原料中的水分含量大于11%时就可以出现游离水分，这些水分以微细水珠和汽化状态存在于空隙之中。而霉菌无处不在，一旦有水分可被利用，就可大量生长繁殖。如果饲料的总体水分达到17%以上，就已经是霉菌繁殖的适宜水分范围，应立即加以解决。
特别是小龙虾饲料，由于有较多的鱼粉和油脂，极容易在潮湿环境下发生脂肪的酸败和霉变。杜绝的方法是除了使用高质量的油脂外，在多雨地区包装时一定要使用内加塑料薄膜内膜的套装纸袋，以便与相对湿度达到80%以上的外界环境隔绝，以防止风干后的饲料吸收外界水分。
2、高温也是霉变的重要条件
霉菌在自然界有数万种之多，主要营寄生和腐生生活，可以进行无性繁殖和有性孢子繁殖，但高效繁殖时必须有适宜的高温。例如，曲霉属和青霉属最适繁殖和产毒温度为27～30℃，相对湿度为70%～100%。如果要控制霉菌的发生，首先就要控制饲料自身环境达不到这两个条件。如果一旦有这种条件，饲料在3～7天就可以发生严重霉变。
3、相关微生物对饲料造成生物降解引起霉变
有时是几种微生物同时繁殖，有时是一个优势种大量繁殖所致。霉变过程中蛋白质、脂肪、糖类受到分解，造成饲料营养价值下降的同时产生大量霉菌毒素，导致饲料颜色和味感质最下降，严重者会造成小龙虾中毒死亡或引发多种疾病。饲料霉变中所产生的最主要的毒素是黄曲霉素，会导致虾的贫血、肝脏和其他内脏器官受到破坏，免疫力严重下降。
为了防止贮存中的饲料霉变，首先要注意贮存场所的通风条件，通风必须良好。养虾场一般相对湿度较高，所以特别要注意饲料在梅雨季节的贮存，避免相对湿度超过75%的贮存环境。一般环境下贮存也不要超过l周，最好随买随用，随制随用。对于配方中鱼粉和发酵血粉含量较多的饲料尤其要注意贮存条件。饲料编织袋中如果没有隔层塑料薄膜，贮存时不要和地面及墙壁直接接触。如果是自制饲料，注意每次制造量不要太多。对于销售单位，也要做到不积压过多产品，尽可能有计划地生产和销售。
为了防腐，小龙虾饲料可以添加防腐剂。对比于各类防腐剂，最好使用延胡索酸及酯类，因为这类防腐剂受酸碱度影响小，而且抗菌谱广，抗菌作用也强，能够有效地抑制微生物的生长和繁殖。但相对来说，延胡索酸抑菌周期较短，如果是饲料厂家，就要选用二丙酸铵之类作为防腐剂，抑菌周期可达1个月左右。当环境有潮气时，结合物即可离解发挥效力。
值得注意的是，虾类饲料中的添加剂和高蛋白质，会降低防腐剂的作用。这些物质会在不同程度上将自由酸转化为相应的盐类，而脂肪类物质会强化有机酸的活性，保持其抑菌效果。为此，饲料配方中的脂肪比例一定要适宜。